生物顯微鏡的取送應用右手握鏡臂、左手托鏡座，同時置于胸前。
奧林巴斯顯微鏡的旋轉應使鏡筒朝前，鏡臂朝后；同時應置于觀察者座位前的桌上，偏向于身體左側，以便左眼向目鏡內觀察；應置于桌子內側，距桌沿5cm左右。
對光時，應轉動粗準焦螺旋，使鏡筒緩慢上升，再轉動轉換器，令低倍物鏡對準通光孔；然后用手指轉動遮光器，令zui大光圈對準通光孔，使左眼向目鏡內注視，同時再轉動反光鏡，使其朝向光源，令視野內亮度均勻合適。
低倍物鏡的使用應用手轉動粗準焦螺旋，使鏡筒緩慢下降，再用兩眼從側面注視物鏡鏡頭，當物鏡鏡頭與載物臺的玻片相距2mm-3mm時即停止。再用左眼向目鏡內注視，并轉動粗準焦螺旋，使鏡筒緩慢上升，直到看清物體影象為止。
在使用高倍物鏡之前，必須先用低倍物鏡找到觀察的影象，并調到視野的中央，然后轉動轉換器，再換高倍鏡。在換用高倍鏡后，視野內亮度已變暗，一般適宜選用較大的光圈，并應使用反光鏡的凹面，然后再調節細準焦螺旋。
在使用反光鏡時，反光鏡通常是與遮光器配合使用的，以更好的調節視野內的亮度。反光鏡有平面和凹面。在對光時，如果視野光線過強，則使用反光鏡的平面，同時可使用較小的光圈；如果視野內光線較弱，則可使用反光鏡的凹面，或使用較大的光圈。
在擦拭鏡頭時應用專門的擦鏡紙；同時，在擦鏡頭時，應先將擦鏡紙折疊，然后再朝一個方向輕輕擦，切記不可來回擦或轉動擦；如鏡頭被油污污染，則可在擦鏡紙上滴上二甲苯，再按上述方法進行擦拭。
應注意的是，奧林巴斯顯微鏡的放大對象是物體的長和寬，而不是面積，更不是體積。同時也應注意，顯微鏡使用時物象移動方向是相反的，即物象在視野何方，則裝片即應向該方向移動。
關于
生物顯微鏡使用時異物判斷的問題，異物可能附著在目鏡、物鏡或裝片上，通常應先通過移動玻片，轉動轉換器來判斷，然后再在目鏡上觀察，以辯明異物所在。
zui后，奧林巴斯CX21顯微鏡使用完畢后，應先將玻片取下，再將其機械部分用白紗布輕輕擦拭干凈；然后轉動轉換器，讓兩個物鏡移至兩旁；再通過轉動粗準焦螺旋，使鏡筒下降至zui低點，zui后將反光鏡豎起，再蒙上綢布，然后將顯微鏡安全鎖入箱內。
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